火影忍者游戏更换队友主要分为战前阵容替换和对局内角色切换两大类，常规忍者只能在对战开始前完成队友更换，仅有部分特殊双人忍者支持战斗过程中切换操控队友，操作时需要区分不同模式的设置入口，避免混淆援护召唤和角色直接切换的功能。
决斗场段位赛、忍术对决这类PVP模式下，更换出战队友需要先进入模式的编队页面，页面会展示当前已经配置好的三名上阵忍者，点击任意忍者头像，即可打开忍者选择列表，彩色头像代表已经解锁的忍者，灰色头像为暂未获取无法选用的角色，选中目标忍者就可以完成对应位置队友的替换，依次调整一号先手、二号中场、三号保底的出场顺序，搭配好秘卷和通灵之后，点击保存编队即可生效。忍者储备较多时，可以使用自选编组功能，提前整理常用的上分忍者，后续更换队友可以直接调取编组，省去在忍者库内翻找的时间，即便进入禁用忍者的阶段，依旧可以返回编队界面更换队友，以此针对敌方禁用的角色做出阵容调整。冒险副本、修罗副本等PVE玩法中，调整出战队友的入口在关卡准备界面，点击阵容调整按钮，就能替换当前上阵的忍者，体验卡类角色也可以在此处选用，体验卡失效之后对应角色会自动从阵容中移除，需要重新更换其他队友上阵。
对局内部实时切换队友只限定拥有双人共战机制的特殊忍者，普通忍者对局中不能在战斗中途更换其他队友，这类双人忍者拥有两套独立血条，技能冷却与奥义点互相共享，备战阶段还可以设置开局优先登场的队友。进入对局之后，在非受击状态下点击奥义按键，就可以完成队友切换，不需要消耗奥义点数，如果在普攻连招的过程中触发切换，当前这套普攻会完整释放完毕，原本操控的角色才会退场，利用该细节可以打出脱手伤害，用来骗取对手的替身。释放技能期间执行切换操作，还会触发角色专属的追加攻击，切换的同时向后拉动摇杆，新登场的队友可以直接向后位移，快速和敌人拉开安全距离，规避敌方后续反击招式。
对局切换队友存在不少实战限制，两次切换之间会存在冷却间隔，不能无限制连续换人，当两名队友其中一名血量耗尽阵亡之后，整局对局会直接关闭切换功能，剩下存活的角色会获得属性强化，但是再也无法召唤阵亡队友登场。实战博弈中可以利用切换机制，把残血的队友换下后台待命，后台角色奥义点恢复速度更快，保留完整的作战能力应对后续拉扯，尽量不要在被敌方攻击僵直的状态尝试换人，此时切换指令不会生效，还会白白错失替身反击的时机。另外要分清召唤援护和切换队友，援护只是把队友召唤出来打出一次辅助攻击，依旧只能操控原本角色，并不是更换当前操作的队友，不少新手会把两者混淆，导致阵容调整达不到预期效果。
