口袋妖怪火红完整解锁全部七岛剧情，需要先后拿到三岛通行证以及彩虹通行证，前置条件分为前期红莲岛道馆通关、通关宝可梦联盟登入名人堂、图鉴收集达标、完成红宝石任务四大硬性门槛，缺少任意一环都无法解锁后期四至七岛的主线内容。
最先开启一到三岛的基础条件为战胜红莲岛夏伯、拿到火山徽章，之后在红莲岛精灵中心附近找到正辉，接收群岛相关任务，领取三岛通行证，枯叶市码头的渡轮便会新增前往一之岛的航线。刚解锁的前三座岛屿仅能体验浅层支线，二之岛解救孩童、三之岛清理街头暴走族都属于前置支线任务，这些任务不会解锁剩下的群岛，只是用来熟悉群岛机制、获取月之石这类奖励道具，玩家不必在前期执着推进深层剧情。
想要开启四至七岛的完整主线，首要硬性条件便是击败四天王登入名人堂，随后返回真新镇和大木博士对话，图鉴当中收录宝可梦种类大于等于六十只时，关都图鉴升级为全国图鉴，解锁大量外地宝可梦的捕捉权限。之后搭乘渡轮前往一之岛精灵中心右侧的网络实验室，和研究员阿锦交谈，得知通讯装置缺少红宝石，前往东侧灯火山，打败驻守的火箭队小兵，深入山洞拿到红宝石，交付之后即可获取彩虹通行证，四、五、六、七座岛屿正式开放通行权限，完整的七岛主线正式激活。
七岛区域内部还有连贯的后续闯关流程，四之岛冰瀑洞窟、五之岛火箭队仓库、六之岛点之穴依次推进，从火箭队手上夺回蓝宝石，交还至一岛实验室之后，群岛主线才算彻底收尾。七岛当地还藏有阿斯卡纳遗迹、赛瓦峡谷等探索地点，依靠碎岩、居合斩等秘传机器穿行，挑战沿途的训练家，搜集隐藏道具、捕捉未知图腾，完成群岛全部的隐藏玩法，通关群岛全部内容之后华蓝洞窟解除封锁，可以前去抓捕超梦。
