辉夜种下的神树是整个忍界查克拉体系起源，也是博人传中大筒木掠夺星球资源的核心载体，同时关联辉夜背叛族群、无限月读战术与游戏内专属技能机制三重核心设定，是串联正传与续作剧情、解锁辉夜完整作战体系的关键要素。
辉夜最初与一式降临地球的任务便是栽种神树，十尾作为神树幼苗，需要吞噬活体大筒木才能完成成型转化，一式原定献祭辉夜滋养树苗，辉夜反杀一式并将其躯体投喂十尾，才让地球神树顺利扎根生长，这一行为直接改写大筒木族群的星球收割规则，也让这棵神树拥有区别于其他星球神树的特殊属性，普通神树仅具备汲取星球生命能量的基础能力，辉夜培育的神树因融合一式的大筒木本源，根系查克拉承载力更强，吸收生命体能量的效率远超常规品种，游戏内挑战辉夜副本时，场地边缘会持续刷新神树根系触手，触碰触手会持续流失查克拉条，玩家需要利用位移忍术规避根系缠绕，若被多根触手同时束缚，自身奥义槽会直接清零，这套场地机制完全对应神树吸食查克拉的原作设定，熟练把控触手刷新间隔能大幅降低副本通关难度。
辉夜食用神树千年一结的查克拉果实后，成为忍界首个掌握完整查克拉力量的存在，神树自此成为她掌控全域幻术、回收散落查克拉的工具，博人传剧情里壳组织复刻辉夜种树流程，也反向印证这棵神树是大筒木力量进化的范本，游戏中辉夜专属奥义无限月读会同步召唤神树枝干，触发神·树界降诞效果，被月光幻术命中的目标会被树枝捆绑持续扣除血量，且短时间内无法切换替身术，对战时可先利用八十神空击限制对手走位，再开启无限月读衔接神树束缚，形成无解压制连招，对抗拥有轮回眼护盾的角色时，神树枝干还能穿透护盾持续消耗对手护盾值，是克制肉盾型忍者的核心手段，不少玩家忽略神树联动效果，单纯释放幻术容易被对手单段替身规避，合理把控神树触发时机才能打出完整伤害循环。
神树的终极产物白绝同样是辉夜种树计划的延伸，中无限月读被神树吸取查克拉的生命体最终会转化为白绝大军，博人传中考德培育全新十尾、量产白绝的行为，都是对辉夜当年神树体系的复刻，多人联机对战模式里，解锁辉夜完整连招后，神树束缚击杀敌方单位会临时生成白绝辅助作战，白绝具备自主追踪攻击能力，能干扰敌方蓄力释放奥义，组队闯关时可依靠神树衍生的白绝分担前排承伤压力，单刷高难度关卡时，优先利用地形拉扯敌人聚集，再释放神树范围束缚，一次性生成多只白绝，大幅缩减通关耗时，该联动机制仅辉夜角色独有，其他大筒木角色无法触发白绝召唤效果，也是辉夜角色强度的核心优势来源。
抛开战力与玩法层面，辉夜种下的神树还承载叙事层面的特殊意义，它既是辉夜摆脱族群献祭命运的筹码，也是忍界千年战乱、尾兽诞生、黑绝复活计划的源头，博人传所有大筒木相关冲突，根源都来自这颗扎根地球的神树，游戏收藏图鉴内解锁神树完整背景档案后，还能解锁辉夜专属大筒木服饰配饰，图鉴解锁条件为单次副本内依靠神树束缚累计击败五名敌方单位，完成该隐藏条件可补齐角色全部收集内容，想要深度体验辉夜角色完整内容，神树相关的场地机制、奥义联动、隐藏收集条件都不能遗漏。
